จอน แพทริก แฟลนากัน (อังกฤษ: Jon Patrick Flanagan) เกิดเมื่อวันที่ 1 มกราคม ค.ศ. 1993 เป็นอดีตนักฟุตบอลชาวอังกฤษ เกิดในเมืองลิเวอร์พูล เล่นในตำแหน่งแบ็กขวา ลงเล่นนัดแรกให้ลิเวอร์พูลในนัดที่ลิเวอร์พูลชนะแมนเชสเตอร์ซิตี 3-0 ที่สนามแอนฟีลด์ ซึ่งขณะนั้นเขามีอายุได้ 18 ปี
ในวันที่ 2 พฤศจิกายน ค.ศ. 2013 แฟลนากัน ลงสนามเป็นตัวจริงในพรีเมียร์ลีกนัดแรกในรอบ 18 เดือน ในนัดที่ ลิเวอร์พูล บุกไปเยือนที่ เอมิเรตส์สเตเดียม เจอกับ อาร์เซนอล ต่อมา ในวันที่ 15 ธันวาคม ค.ศ. 2013 แฟลนากัน ทำประตูแรกในสีเสื้อของลิเวอร์พูล ในนัดที่ ลิเวอร์พูล เอาชนะ ทอตนัมฮอตสเปอร์ ที่ไวต์ฮาร์ตเลน 5-0
ในเดือนธันวาคม ค.ศ. 2015 แฟลนากัน กลับมาซ้อมกับเพื่อนร่วมทีมได้อีกครั้ง ต่อมา ในวันที่ 20 มกราคม ค.ศ. 2016 เอฟเอคัพ รอบสาม นัดรีเพลย์ แฟลนากัน กลับมาลงสนามนัดแรกให้กับ ลิเวอร์พูล ในรอบ 18 เดือน โดยลงสนามเป็นตัวสำรองแทน คอนเนอร์ แรนดอลล์ ในนัดที่ ลิเวอร์พูล เปิดสนามแอนฟีลด์เอาชนะ เอ็กซิเตอร์ซิตี 3-0 ช่วยให้ ลิเวอร์พูล ผ่านเข้ารอบสี่ เอฟเอคัพ ได้สำเร็จ ต่อมา ในวันที่ 26 มกราคม ค.ศ. 2016 ฟุตบอลลีกคัพ รอบรองชนะเลิศ นัดที่สอง แฟลนากัน ลงสนามเป็นตัวจริงนัดแรกโดยลงสนามถึง 105 นาที ในนัดที่ ลิเวอร์พูล เปิดสนามแอนฟีลด์พ่ายแพ้ สโตกซิตี 0-1 รวมผลสองนัดเสมอกัน 1-1 ทำให้ต้องตัดสินในการยิงจุดโทษ ก่อนที่ ลิเวอร์พูล เอาชนะ สโตกซิตี ในการยิงจุดโทษ 6-5 ช่วยให้ ลิเวอร์พูล ผ่านเข้ารอบชิงชนะเลิศ ฟุตบอลลีกคัพ ได้สำเร็จ ต่อมา ในวันที่ 18 มีนาคม ค.ศ. 2016 แฟลนากัน ตัดสินใจต่อสัญญาระยะยาวกับสโมสรลิเวอร์พูลถึงปี 2019
ในวันที่ 20 มีนาคม ค.ศ. 2016 แฟลนากัน สวมปลอกแขนกัปตันทีมลิเวอร์พูลแทน จอร์แดน เฮนเดอร์สัน ที่เป็นตัวสำรอง ในนัดที่ ลิเวอร์พูล พ่ายแพ้ เซาแทมป์ตัน ที่เซนต์แมรีส์สเตเดียม 2-3
